ATENCIÓN Como comenta el autor (Ghisler) aquí, un fallo ha sido detectado en la Versión 7 Release candidate 2. El fallo en cuestión sucede con la función "sincronizar directorios" copia ficheros a subdirectorios que no corresponde.
Una nueva versión será liberada pronto. Por el momento, NO usen la RC2 para sincronizar con FTP