Vorgehen für Variante A:
A1 1 bis n Verzeichnisse markieren, die sich nicht in einem Archiv befinden.
A2 <Alt><F9> (Verzeichnisse packen woll, aber zu müde sei und daher <Alt><F9> statt <Alt><F5> drück...)
A3 TC deselektiert alle Verzeichnisse und bringt die Warnung "Keine Dateien gewählt!"
Vorgehen für Variante B:
B1 1 bis n Verzeichnisse sowie 1 bis n Dateien markieren, die sich nicht in einem Archiv befinden.
B2 Wie A2
B3 TC deselektiert alle Verzeichnisse, lässt die Dateien markiert und bringt zur ersten Datei die Warnung "Fehler in Archivdatei!"
Was schade ist: Die ursprüngliche Auswahl lässt sich mit <Num/> nicht wiederherstellen. Das ist kein Drama und vielleicht die gerechte Strafe für den dusseligen Benutzer

Ob Variante B auch bei defekten Archivdateien auftritt, wo <Alt><F9> also sinnvoll wäre, habe ich nicht getestet. Für diesen (Regel)Fall wäre das Verhalten des TC allerdings auch sinnvoll.
Dennoch der Vorschlag: Die ursprüngliche Auswahl sollte sich in den beschriebenen Konstellationen mit <Num/> wiederherstellen lassen.